شهرستان نطنز در حال حاضر دارای دو بخش مرکزی و امامزاده, سه شهر نطنز و بادرود و خالد آباد و پنج دهستان به نامهای کرکس, طرقرود, برزرود, امامزاده و خالدآباد میباشد.